Hmmm.
ALLA tillägg till Apache MÅSTE kompileras in i apache, och det finns väl dokumenterat på ex. apache hemsida. Så om du vill ha PHP, MySQL, Java osv, så MÅSTE de stöden kompileras in i Apache. Det enda som funkar "out of the box" i Apache är statisk HTML. Ev. kan det finnas färdiga paket till din dist med de grejerna som du behöver. Anledningen till att det är så här, är för att varje utvecklare har sina egna favoritverktyg, databaser osv. Och man får en mycket "slimmad" (läs snabb) webbmotor, på det här sättet.
Nu är det i regel inga problem att fixa Apache efter dina önskemål, men det krävs lite pyssel (och linux-kunskaper). Man bör ha kompilerat någon gång förut så att man förstår vad ev. fel innebär.
Lycka till