Om jag tolkar dig rätt så ligger alla dina mp3r i samma katalog men när du flyttar över dem så bildas "mappar" per album eller artist i varje fall? I så fall så är det id3-taggarna som din spelare läser av och presenterar för dig. Det går med största sannolikhet att välja sortering i din mp3-spelare. Om inte så kan du använda t.ex. TagAndRename för att ändra dina mp3-taggar (så att alla låtar är samma album t.ex.)
Edit: Fast vid närmre eftertanke så måste ju din mp3-spelare kunna ta random på flera "kataloger" än den aktiva - säkert något val någonstans.