Har du tittat så att du verkligen använder vlc-plugin? För bara för att du har installerat det så betyder det inte att du använder det. Jag skulle tippa på att du fortfarande har
totem med gstream som plugin. Testa att avinstallera dessa och se hur det går. Funkar inte detta så kan du installera mediaplayerconnective till Firefox och välja att alla .pls-filer ska öppnas med vlc.