Ser ut som du har libUSB installerat med då, eftersom lsusb finner din OmniKey.
Märkligt dock att inte du får någon information då du skriver pcsc_scan?
Borde stå ATR information om du har kortet i din OmniKey läsare?
förutsatt att pcscd tjänsten är i gång d.v.s.
hade du provat starta pcscd?
Då är ju frågan hur dina konfigurations filer för OSCam ser ut?