"Reading Config file from /varkeys/newcs.xml"
Det saknas ett / i din utskrift. Antingen du har skrivit fel eller det har kommit bort?

Du kan prova att starta newcs med bara kommandot
newcs
Beroende på hur det är uppsatt med sökvägar så kanske det räcker. Annars får du ange hela raden
/var/bin/newcs -C /var/keys/newcs.xml

Kolla att filen /var/keys/newcs.xml finns och att den ser vettig ut.