Jag har tyvärr inget handfast råd att ge dig. Själv har jag kört två kortläsare av PC/SC typ kontinuerligt på min Raspberry Pi i månader utan problem. Det var visserligen Gemalto läsare och inte Omnikey, men de är väldigt likartade.
Jag tror också att flera andra medlemmar kör med dubbla Omnikey utan problem. Men å andra sidan var det en medlem som rapporterade för ett tag sedan att han också hade problem med Omnikey-läsarna på samma sätt som du och att han fick ingen ordning på det utan gick över till läsare från AD-Teknik istället. Du kan nog hitta den diskussionen tidigare i denna tråden.
För mig är det nästan omöjligt att veta varför vissa tycks få problem medan det funkar bra för andra. Av de orsaker du nämner skulle jag väl i första hand börja med att kolla spänningen och kanske också prova med ett annat fabrikat på minneskort. Samsung eller Transcend är bland de bästa tycker jag, men jag har också kört Kingston utan problem. De enda minneskort jag egentligen har haft problem med är billiga kinesiska kopior eller noname-kort. Med sådana har jag råkat ut för problem som kan härledas till minneskortet.
I nio fall på tio när det är skumma problem så beror det på någon konfiguration som användaren har gjort. Och det är nästan omöjligt att gissa vad problemet är när man inte kan se sakerna själv.
En ytterligare sak du kan prova är att koppla kortläsarna via en USB-hub med egen spänningsmatning och se om det blir bättre.