Risken finns att Linux byter device id på kortläsarna om man har fler än en. Dock är den risken mycket mindre på en Raspberry Pi eftersom hårdvaran är mindre komplex än en PC. Det har faktiskt aldrig hänt mig varken på Raspberry Pi eller Seagate Dockstar att kortläsarna bytt device id.
Om man inte drar i och ur kortläsarna under drift tror jag det är en ganska liten risk att det händer.