Finns ingen anledning att köra med några kylflänsar på en Raspberry Pi om du inte överklockar till max.
Det blir inte speciellt mycket värme. I en liten trång låda kan det kännas varmt, men bättre då att fixa lite ventilation. Har lådan bara några öppningar för ventilation brukar det inte bli några problem. Tänk också på att CPU:n i Raspberry Pi är utvecklad för mobiltelefoner och alltså gjord för att klara ganska hög driftstemperatur (p.g.a. att det ofta är trångt i en mobil).